目前制備菌粉的主要方法是噴霧干燥法（噴霧干燥機(jī)）和真空冷凍干燥法（凍干機(jī)）。其中噴霧干燥技術(shù)單位產(chǎn)品耗熱量大，設(shè)備的熱效率低，并且進(jìn)風(fēng)溫度和出口溫度高，導(dǎo)致菌體存活率低。若降低溫度，則容易出潮粉；同時(shí)對(duì)菌粉的分離裝置要求較高，容易使產(chǎn)品損失和污染，但噴霧干燥的處理量大，成本低。

與噴霧干燥法相比，凍干機(jī)制備的微生物菌粉，具有明顯的優(yōu)勢：菌種在低溫下干燥，各種成分和酶的活性損失較少；通過凍干機(jī)制備的菌粉具有色澤、形態(tài)優(yōu)異，脫水*，復(fù)水性好，易于保藏和運(yùn)輸?shù)忍攸c(diǎn)。